一、关于非公募基金会章程的问题
章程对基金会来说是至关重要的。基金会建立在章程的基础上。章程是基金会最基本的制度，是基金会与捐赠人、受益人以及公众的协议，承诺基金会将采用什么名称，以什么为宗旨，从事什么样的公益活动，怎样建立内部治理结构，怎样规范内部运作，等等。章程对一个基金会的地位、作用，相当于宪法对于一个国家。章程是基金会内部运作和开展活动的依据，也是政府、社会对基金会进行监督的依据。
基金会要规范运作，必须从内部建设和外部监督两方面下手。规范的内部运作要以规范的章程为基础。基金会必须以已经登记管理机关核准的章程来规范运作，章程内容需要修改的必须及时报登记管理机关核准。
二、关于非公募基金会的财产属性的问题
基金会是公益性的社会组织，其公益性的特点决定了它的财产既不属于国家的、也不属于个人的、也不属于集体的。基金会财产是社会公共财产属社会所有，基金会是代表社会行使所有权。因此《基金会管理条例》明确规定，国家、集体和个人都不能随意地侵占、挪用和毁损基金会的资金或者财产。
特别强调的是，有一些基金会的主要捐赠人捐了财产到基金会以后，他认为财产还是他的，他认为有权力可以调动这笔钱，这个是绝对禁止的。捐赠行为发生时，捐赠财产的所有权同时由捐赠人向基金会转移，捐赠人不再拥有捐赠财产的所有权。基金会的财产所有权在分类上属于社会团体所有权，任何单位和个人不得私分、侵占、挪用基金会的合法财产。
基金会的财产所有权包括四项权能，即占有、使用、收益、处分权。基金会对财产享有占有权，其他任何单位和个人不得非法侵占。基金会对财产享有使用权，前提是按照捐赠人的意愿，在章程规定的宗旨和公益活动业务范围内使用，其他任何单位和个人不得任意挪用。基金会对其财产享有收益权，即基金会可以通过合理合法地运作财产取得增值的收入。基金会对财产享有处分权，任何单位和个人不得私分。
三、关于非公募基金会的原始基金的问题
设立一个基金会，必须要有一定的原始基金。根据《基金会管理条例》，非公募基金会的原始基金为200万元，并规定每一年基金会的余额都不能低于法定的原始基金。要以基金会的形式来做公益慈善，必须有一定的规模。只有一定规模才能保证以后连续不断的公益支出。原始基金是登记事项之一，每年年检的时候，都要看原始基金与证书上标注的数额符合不符合。如果到年底时基金会净资产低于登记证书上登记的最低原始基金，那就必须补足。比如说，证书上登记的非公募基金会原始基金200万，年检的时候净资产不够200万了，那么就必须补足。如果不能补足，年检时就有可能不合格了。非公募基金会每一年的公益支出比例是以上年度基金余额作基数来计算的，如果没有上年基金余额，或者上年基金余额逐渐减少，就不可能维持持续的公益支出了。 基金会不能开展正常的公益活动或者甚至无法维持自身运作，就没有设立的意义。
四、关于非公募基金会基金保值增值问题
基金会依法享有财产收益权，可以通过合法途径获取基于基金会财产而产生的物质收益。因此，基金会为了获取更多的用于公益收益的资金，可以将基金通过银行存款、投资有价证券、投资实业等途径获取收益，实现基金的保值增值。
行使财产收益权，应当通过合法途径。因此，基金会实现基金的保值增值，首要遵循的原则是合法性原则，应当按照法律法规允许的方式进行。目前，根据有关法律法规，基金会实现基金的保值增值的途径有：银行存款、投资国债、投资其他有价证券、投资兴办企业、委托理财。如果基金会实现基金的保值增值的途径或采取的方式是违法的，如开展法律法规所禁止的借贷业务，不但对基金会的违法行为应当予以查处，其违法行为所取得的收益也应当由有关部门予以没收。
基金会的财产来源于社会捐赠，最终应当用于公益事业。因此，基金会实现基金的保值增值，应当注意财产的安全问题，在保值增值方式的选择上，应当遵循安全性原则，尽力回避风险，降低基金遭受损失的可能性。目前基金会实现基金的保值增值的主要途径中，银行存款和投资国债的收益率比较低，但风险小，近乎为零。投资国债以外的有价证券或投资直接兴办企业风险较大，如果成功则会有较高的收益率，但一旦失败，则有可能造成基金损失。委托有资格的金融机构代为理财是另外一种选择，其风险系数和收益率取决于该金融机构的理财水平以及委托理财协议的具体条款。
基金会实现基金的保值增值，本质上是一种投资行为，最主要的特征是追求投资的效率，即收益的最大化。基金会为实现基金的保值增值，也应当以获取收益为目的，在合法和安全的前提下，争取获得更多的收益，此为有效性原则。
基金会应当按照合法、安全、有效的原则实现基金的保值增值。这里的三个原则存在顺序关系，首先实现的方式应当合法，其次要注意基金财产保全，最后要确保获取收益，实现基金的保值增值。
《基金会管理条例》对基金会的保值增值行为做了原则性、开放性的规定，力图通过社会监督、内部监督来解决对基金投资行为的约束。同时《条例》还增加了有关“决策失误赔偿”的条款，规定因决策不当致使基金会财产损失的，参加决策的理事应当承担相应的赔偿责任，以保证基金会对投资行为慎重行事。
五、关于非公募基金会、捐赠人、受益人依法享受税收优惠的问题
社会力量参与公益事业发展可以有效弥补政府在提供公共产品和服务方面的不足，这一点已为大量事实所证明。目前，国家通过制定税收优惠政策鼓励社会力量积极参与公益事业，进而促进公益事业的发展，已经成为国际上通行的做法。基金会属于社会公益组织，其所从事的活动属于社会公益事业。与基金会公益事业活动有关的各纳税人，可以依照有关法律法规规定，在税收上依法享受税收减免。根据国家立法制度，涉及税收方面的法律法规和政策由税务部门统一制定。目前，有关法律法规规定的对与基金会、捐赠人、受益人的税收优惠主要有：
1.基金会为纳税人：基金会获得的国家财政拨款、捐赠收入、银行存款利息收入免征所得税。免税资格的认定，须根据省、市财政、国税、地税有关非营利组织免税资格认定管理有关要求，在规定时间内向主受税务机关（基金会成立时的税务登记机关）报送申请材料，经市财政局、国税局、地税局联合审核认定后，定期予以公布。
2.捐赠人为纳税人：个人向基金会捐赠，捐赠额可在个人所得税应税所得额30%内扣除；企业向基金会捐赠，捐赠额可在企业所得税应税所得额12%以内扣除。捐赠税前扣除资格是由省财厅、省国税局、省地税局和省民政厅联合审核确认并公布的，基金会成立后根据上述单位的通知及时上报申请材料。
3.受益人为纳税人：个人或组织接受基金会的捐赠，免征个人或企业所得税。
从发展的方向看，国家对基金会、对捐赠人的税收优惠必然是逐步增强的趋势。在享受税收优惠的同时，基金会要依法办理税务登记、接受税务部门的监督。对有违法行为的基金会，税务机关还可以要求补交违法行为存续期间享受的税收减免。
六、关于非公募基金会重大投资、公益活动报备制度问题
基金会章程应规定基金会重大投资、公益活动报登记管理机关备案，并列明重大投资、公益活动的范围。一般说，基金会的重大投资活动是指基金会在合法、有效、安全的前提下开展的投资活动，包括投资国债及有价证券、投资兴办企业、投资房地产、委托理财等。基金会重大公益活动是指基金会按照章程规定的业务范围开展的大型公益服务项目。基金会遇有重大的投资、公益活动，按章程规定必须提前向登记管理机关报告备案。
